为什么我住院报销快三个月了还没到账，是什么原因？

那就是没给你报吧，一般出院办手续时，就给报了。

多等几天看看，有的地方报销时间不是完全一样的
一，住院报销:即去医院看病因住院而产生的相关费用的报销。住院报销须知，必须带本人的身份证和医保卡，医保报销的范围，如果您是急症病人，需要补办手续的，请向医生声明您是医保参保人。
二，:医保的报销范围仅限于住院期间及费用及出院带药物的费用。之前的门诊检查和治疗费用是不能报销的。而出院后的检查及治疗费用也是不能报销的。所以，建议:
三，如果您经过初步检查，已经确定要住院的话，尽量不要在门诊做过量的检查和治疗，尽快入院，入院后再详细检查和治疗。只有住院期间的检查和治疗才会报销。尽管医保条例对出院的标准和带药的标准有规范。但如果可能，应该尽量在院内治疗，尽量不要因为其他原因主动提前出院。出院时，如果可能，应该请医生尽量多开几天的药物。出来后的复诊就不再享受报销的待遇了 四，医保卡指的是社会医疗保险卡，是医疗保险个人账户专用卡，它以个人身份证为识别码，储存记载着个人身份证号码、姓名、性别以及账户金的拨付、消费情况等详细资料信息。
五，医保卡一般由当地指定代理银行承办，是银行多功能借计卡的一种。参保单位缴费后，地方医疗保险事业部门在月底将个人账户金部分委托银行拨付到参保职工个人医保卡上。参保职工可以在定点医院、药店就医购药时，凭密码在POS机上刷卡使用医保卡，但无法提取现金或进行转账使用 六，付线即治疗费用超过最低限额，才可报销，起付线各地区有差异，一般1000-2000元。
最高报销额即报销的钱不能超过最高限额，各地区也有差异，一般几十万。

新农合报销流程：
报销所需资料 ：
1. 门诊报销携带资料：门诊 {MOD}、合作医疗证历本（或病历）。
2. 住院报销携带资料：住院 {MOD}、合作医疗证历本（或病历）、费用明细清单、出院小结、其它有关证明。
3. 门诊特殊病报销携带资料：门诊 {MOD}、特殊病种合作医疗证历本。
4. 办理特殊病种携带资料：特殊病种门诊治疗建议书，合作医疗证历本、病历、有关化验报告单、照片二张。
报销流程：
1. 参保户将报销所需资料备齐后交村（社区）合作医疗联络员由村（社区）合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员在由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。新型农村合作医疗报账指南 。
2. 医院直接报账：因疾病住院办理住院手续时，向医院出具新型农村合作医疗证直接参与报账。

还没到账你就继续等待。如果超过三个月你可以去询问一下。